制藥過程可分為原料藥生產和制劑生產兩大步驟。原料藥生產過程用到的原輔材料眾多，原料、中間體、溶劑多是易燃、易爆、有毒有害的物質，是一個高污染過程。制劑生產中的藥物活性粉塵污染、噪聲污染較嚴重。

制藥車間最常見的呼吸危害是：普通原料粉塵、藥物性粉塵、有害氣體、有毒蒸氣。制藥過程中接觸粉塵的工序有：反應釜裝料，中途取樣，粉碎，篩分等;制 藥過程中接觸毒氣/有毒蒸氣的工序有：反應釜裝料，取樣，從過濾器或離心分離機中卸載物料，往干燥器中裝料，分裝物料等。在對有限空間如槽罐、反應釜進行清潔時，還有可能面對缺氧環境。

此外，還可能面臨某些生物學意義上的危害，比如從動物臟器中提取生化藥可能會接觸到病菌;酶粉塵沾到皮膚上，會造成皮膚損害;接觸胰島素可引起血糖降低等等。

藥品生產過程中，作業人員接觸有毒化學物質的機會主要是設備和管道密閉不嚴、銹蝕滲漏，上道工序來料、檢驗分析取樣以及出料、廢棄物料排出、清理離心 甩干機以及設備檢修時設備及管道中殘存的有毒化學物質，尤其是在離心過濾敞口甩干高溫物料或邊甩干邊人工投加液態化學品以及敞口接收時，均有大量的有害氣 體或蒸氣逸出，同時會有液態化學品飛濺的可能。操作工人接觸液態、蒸氣態有毒物質的時間相對較長，如果通風排風系統不好，就可能造成工作場所空氣中有害物 質濃度增高甚至超過國家衛生標準，工人長期接觸會受到職業病危害因素的影響，也加大了職業病危害事故的風險。

某些制藥設備運行時會產生巨大的機器噪聲，比如一些電動機、水泵、離心機、粉碎機、制冷機、通風機、鍋爐等，有的噪聲甚至超過100dB;噪聲危害嚴 重的區域通常是藥片切割室、包裝室等。作業人員長期接觸這些超標噪聲，如不對聽力系統進行防護，危害會是多方面的，除了聽覺系統受損外，還可能導致高血 壓、頭痛、失眠、記憶力下降，神經衰弱等癥狀。

制藥工業也會接觸很多眼部危害，最常見的眼部危害有：粉塵、化學液體、微生物、高溫、沖擊物等，制藥車間眼部危害最容易發生在：反應釜附近和溶劑儲藏區。

在制藥車間中，操作人員通常都需要穿著連體式防護服，這一方面是由于制藥車間對潔凈度有一定要求，防止人員污染藥品;另一方面也要對操作人員皮膚進行防護，防止藥物活性粉塵粘附在皮膚上，防止液態化學品物料飛濺到皮膚上，通過皮膚或皮膚上的創口被吸收，對人員產生危害。最常見的液體化學品飛濺發生在設備清洗、維護、檢修時，或物料離心甩干時，或投加液態化學品物料時。